chmod se utiliza para cambiar permisos:
# chmod -R ABC directorio
A -> permisos para el usuario dueño del recurso
B -> permiso para el grupo
C -> permisos para el resto del mundo
Los valores A,B y C siguen la siguiete regla:
0 -> sin permiso (000 —)
4 -> lectura (100 r–)
5 -> lectuta/ejecucion (101 r-x )
6 -> lectura/escritura (110 rw-)
7 -> lectuta/escritura/ejecución (111 rwx)
Así por ejemplo para dar acceso exclusivo a un usuario (y al root) a su directorio podríamos combinar chown y chmod:
# chown -R usuario.root directorio
# chmod -R 770 directorio
Con el segundo comando se está quitando el derecho de ejecución del directorio al resto de usuarios.